São Nektários nasceu em [[1 de outubro]] de 1846, em Silíbria, na região da Trácia. Seus pais, Demos e Maria Kephalas, deram a ele o nome de Anastásios. Desde criança, era conhecido pela sua piedade e devoção à Igreja - interessava-se por leituras espirituais e tinha enorme reverência por elas.

Devido às precárias condições financeiras de sua família, aos Aos catorze anos, São Nektários precisou ir à Constantinopla em busca de emprego. Ainda que Apesar de não tivesse ter dinheiro, explicou a sua situação e pediu ao capitão permissão para embarcar. Porém, o capitão se irritou e o mandou embora. Anastásios compreendeu, e se retirou-se entristecidodecepcionado. Quando o capitão ordenou que o barco partisse, nada aconteceu. Após inúmeras tentativas falhas, o capitão se afastou e percebeu ao longe o olhar entristecido do jovem Anastásios, que havia permanecido na doca. Apiedando-se dele, permitiu enfim que o garoto embarcasse com eles. Para sua surpresa, imediatamente os motores funcionaram.

Em Constantinopla, Anastásios conseguiu emprego como vendedor de tabaco, que não pagava muito, mas era suficiente para que pudesse se manter. A fim de ajudar as pessoas ao seu redor, o garoto incluía bilhetes nas embalagens da loja com mensagens espirituais , retiradas dos livros que lia.

Uma vez Como não tinha dinheiro suficiente para comprar roupas, Anastásios andava descalço e vestia farrapos. Certa vez, escreveu decidiu escrever uma carta para Deus: "Meu doce Cristo. Não tenho sapatos nem mesmo um avental. Envia-os para mim, Senhor. O Senhor sabe o quanto te amo". Anastásios colocou um selo na carta e escreveu no verso do envelope "para o Senhor Jesus Cristo que está no Céu". No caminho para enviá-la, encontrou o dono da loja que ficava em frente à que trabalhavatabacaria. O homem perguntou aonde ia, e Anastásios respondeu qualquer coisa em resposta. Vendo que a carta em suas mãos, o homem se ofereceu para enviá-la, já que também estava a caminho dos correios. Assim, o vendedor colocou a carta em seu bolso e garantiu que iria enviá-la junto às suas próprias correspondências. O jovem voltou à loja com alegria e continuou seu trabalho.