Em sua cama, o ancião abençoou Antônio para ser seu sucessor, ao que seus olhos choviam lágrimas — não apenas por estar vendo seu pai espiritual pela última vez, mas porque considerava-se indigno de tornar-se o sucessor de alguém tão grande como São Barlaão. Além de liderar a irmandade, a Antônio estava também incumbida a construção do mosteiro, através das doações do Príncipe Yaroslav de Nóvgorod (1182–1199). Isso aconteceu porque, enquanto Antônio estava em Constantinopla, São Barlaão recebeu a visita do príncipe em 1190, atormentado com as guerras pelos principados. O ancião acalmou-o e abençoou, predizendo que seu filho havia de nascer. Naquele mesmo ano, seu primogênito Izyaslav nasceu, e o príncipe dispensou uma grande quantia para a transformação do eremitério num mosteiro. Quando Antônio retornou de Constantinopla a Khutyn', em 6 de novembro de 1192, apenas a igreja havia sido reconstruída (de madeira para pedra), tendo sido consagrada no mês anterior por São Gregório, Arcebispo de Nóvgorod (1186–1193), o qual conferiu o título de hegúmeno a São Barlaão, oficializando o reconhecimento do mosteiro.

Como hegúmeno de Khutyn, Santo Antônio seguiu estritamente as regras deixadas por São Barlaão, sendo um exemplo para os monges. Além da Igreja da Transfiguração, o asceta construiu a Igreja da Anunciação, decorando-a por completo com ícones em honra à Mãe de Deus e aos santos. O hegúmeno recebera de Deus o dom de orar em lágrimas, as quais lavavam qualquer traço de orgulho que tentasse contaminar sua alma. Ainda assim, o peso de ser responsável pela alma e vida daqueles monges, sabendo que o mínimo deslize na Fé que ele cometesse poderia provocar o escândalo e a morte espiritual de algum deles, era excruciante. Além disso, assim como o era em sua infância, Santo Antônio preferia realizar seus feitos ascéticos em segredo, longe da glória mundana.