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Os cristãos enterraram seus corpos numa igreja dedicada a São Marcos, o Evangelista, na mesma cidade. Embora a igreja tenha se tornado um centro de peregrinação, a vila de Canopo provocava medo entre os egípcios, pois a cidade abrigava templos pagãos habitados por espíritos malignos que não hesitavam em aparecer aos habitantes em sonho. Teófilo I, Patriarca de Alexandria (385–412), ansiava pela limpeza desse lugar dos demônios, mas logo veio a falecer. Seu sucessor, São Cirilo I, Patriarca de Alexandria (412–444), pôs em prática seu desejo, orando fervorosamente pela conclusão.
Em 412, um anjo de Deus apareceu ao hierarca em uma visão, ordenando que as veneráveis relíquias fossem transferidas a Menutis, poucos quilômetros ao leste. Sua Santidade realizou o mandamento do anjo e construiu lá uma igreja dedicada aos santos mártires. Em 28 de junho de 414, suas sagradas relíquias foram transferidas para a igreja. São Cirilo conseguiu também destruir o templo pagão à deusa Ísis, e erigiu um santuário dedicado aos santos em c. 427.
A partir de então, o lugar foi purificado da presença do inimigo, e, pelas orações dos santos mártires Ciro e João, começaram a ocorrer vários milagres e curas dos enfermos, trazendo grandes levas de peregrinos à cidade. Do que se tem registro, Amônio, filho de Juliano, o prefeito de Alexandria, foi curado de tuberculose, outros foram curados de cegueira, doenças no pulmão, envenenamento e edemas através da veneração de suas relíquias. Era frequente ver pessoas dormirem ao lado de seus túmulos na esperança de receberem uma visão dos santos (essa prática é denominada incubação). Nessas visões, ou os santos receitavam o tratamento ou eles próprios curavam o fiel enquanto dormia.
